Manajemen Pendidikan Islam (MPI) merupakan program studi non keguruan di FITK IAIN Ambon yang mulai menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 2018/2019. Dasar pembukaan program studi adalah SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 5885 Tahun 2017 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Institut Agama Islam Negeri Ambon dan SK BAN-PT Nomor: 149/SK/BAN-PT/Min-Akred/VII/2018 tentang Pemenuhan Akreditasi Minimun Akreditasi Program Studi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam. Kemudian di Tahun 2021 berdasarkan Sertifikat Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 2734/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2021, menyatakan bahwa Program Studi Manajemen Pendidikan Islam, Pada Program Sarjana IAIN Ambon, Kota Ambon memenuhi syarat peringkat Akreditasi Baik dengan masa berlaku sejak tanggal 5 – Mei – 2021 sampai dengan 5 – Mei – 2026.